La paroisse de Saint-Hilaire a été fondée en 1869. Avant cette date, elle faisait partie de la paroisse de Sainte-Luce, qui desservait également la localité située de l’autre côté du fleuve Saint-Jean, aujourd’hui connue sous le nom de Frenchville, au Maine.

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À l’époque, les paroissiens devaient traverser le fleuve en canot pour se rendre à l’église, une traversée parfois périlleuse. Le Traité Ashburton-Webster de 1842, qui divise la région du Madawaska entre le Canada et les États-Unis, accentue le besoin de doter Saint-Hilaire de sa propre église.

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La première église, construite sur le site de l’actuel cimetière, est achevée en 1895 et dessert les communautés de Baker-Brook, de Saint-Hilaire et de Verret. L’église actuelle est érigée en 1926, année où l’église d’origine est démolie.